除了傳承原本一貫的世界架構之外，還加入了古籍《山海經》作為新的故事背景�！∮螒虮咀鞯闹鹘敲麨殛懗熊帲▽崬殛惶焖�轉世），從小便擁有著強大的力量，可是不懂得控制，被周圍的人當成怪物般的看待，導致有著缺乏自信、猶疑且不輕易吐露心聲的性格。女主角夏柔（實為東皇鐘轉世）是名體內蘊藏有相當強的靈力的少女，個性溫柔嫻靜，聰慧堅強，帶領著族人勇敢面對他族的侵略。

除了傳承原本一貫的世界架構之外，還加入了古籍《山海經》作為新的故事背景。山海經是中國許多神話故事的源頭，也是最古老的地理人文志，敘述遠古時代中國境內各種不同的種族與地理環(huán)境，包含了龐大豐富的神秘奇幻要素，其中收錄的許多種族與國家都會在游戲中出場。軒轅劍系列的重要角色皇甫暮云在本作中首次登場，他的真實身份為軒轅劍轉世，本作最重要的故事情節(jié)就是以他為暗線來展開的（但要收集齊28顆星曜石，進入隱藏結局才會完整地交代出這個故事。因而有人說沒玩隱藏結局就等于沒玩軒轅劍5，從劇情的角度來說這并不為過）。在隱藏結局中，完整地交代了黃帝與天女的凄美故事以及軒轅劍的來歷，可以說，對于完善軒轅劍系列的劇情與故事架構，本作是相當重要的。隱藏結局中身為軒轅劍轉世的皇甫暮云為將劍身上的文字顯示給天女看而自盡。

游戲本作的主角名為陸承軒（實為昊天塔轉世），從小便擁有著強大的力量，可是不懂得控制，被周圍的人當成怪物般的看待，導致有著缺乏自信、猶疑且不輕易吐露心聲的性格。女主角夏柔（實為東皇鐘轉世）是名體內蘊藏有相當強的靈力的少女，個性溫柔嫻靜，聰慧堅強，帶領著族人勇敢面對他族的侵略。